Ένα αρκετά ιδιαίτερο χαρακτηριστικό του Yu-Gi-Oh είναι το γεγονός ότι δεν έχει έναν πρωταγωνιστή, αλλά δύο! Ο πρώτος δεν είναι άλλος από τον Yugi Muto, ένα καλόκαρδο αγόρι που δείχνει ιδιαίτερο ενδιαφέρον στα παιχνίδια και τους γρίφους και του οποίου η ζωή άλλαξε ολοκληρωτικά από τότε που συναρμολόγησε ένα μαγικό αντικείμενο, το Πάζλ της Χιλιετίας. Ο δεύτερος πρωταγωνιστής είναι ο Yami Yugi (ή σκοτεινός Yugi), το πνεύμα του Φαραώ Atem της αρχαίας Αιγύπτου, το οποίο κατοικεί μέσα στο Πάζλ της Χιλιετίας και δεν διαθέτει πλέον τις αναμνήσεις του από το παρελθόν.

Ο Yugi Muto λοιπόν παρουσιάζεται ως ένα ευαίσθητο αγόρι που έδειχνε αδυναμία, αλλά ήταν πρόθυμος να κάνει τα πάντα για τους φίλους του, ενώ ο Yami Yugi παρουσιάζεται ως μια πολύ δυναμική περσόνα με μεγάλη υπερηφάνεια.
Αρχικά, το Πάζλ της Χιλιετίας ήταν το μόνο που ένωνε τους δύο χαρακτήρες, μιας και ο Yugi αποτελούσε μετενσάρκωση του Φαραώ Atem. Ο Yami Yugi έπαιρνε τον έλεγχο του σώματος του μικρού Yugi όταν ο τελευταίος ερχόταν αντιμέτωπος με δυσκολίες και μοχθηρούς εχθρούς· και όντας το πνεύμα του πανίσχυρου Φαραώ, χρησιμοποιούσε τη δύναμή του για να συντρίψει τους εχθρούς του σε παιχνίδια σκιών αφού πρώτα τους έκρινε ένοχους για τις πράξεις τους. Μπορεί, λοιπόν, κανείς να πει πως οι δυο τους αποτελούσαν διαφορετικές όψεις του ίδιου νομίσματος. Το φως και το σκοτάδι. Ο Yugi δεν είχε συνειδητοποιήσει εξ αρχής ότι υπήρχε μια δεύτερη προσωπικότητα μέσα του και ότι την εξίσωση διατηρούσαν δύο μυαλά αντί για ένα. Αυτό το έμαθε με αρκετά σκληρό τρόπο. Οι δύο μεγαλύτερες μάχες που έδωσε ο Yugi Muto ήταν στην πρώτη και την τελευταία σεζόν της σειράς αντίστοιχα, με ένα κοινό αντίπαλο· τον ίδιο του τον εαυτό!

Στο Βασίλειο της Μονομαχίας είχε αρχίσει να δημιουργείται η αμφιβολία στον ίδιο τον Yugi ότι δεν παίρνει μόνος του τις αποφάσεις και η θεωρία αυτή επιβεβαιώθηκε όταν ήρθε αντιμέτωπος με τον

Seto Kaiba στον πύργο του Maximillion Pegasus. Εκεί και οι δύο μεριές μονομαχούσαν για κάτι άκρως σημαντικό· ο Kaiba για να σώσει τον μικρό του αδερφό και ο Yugi για να σώσει τον παππού του. Όταν η μονομαχία άρχισε να γέρνει υπέρ του Yugi, ο Kaiba όντας απεγνωσμένος, τον απείλησε πως για κάθε 100 πόντους ζωής που θα αφαιρούνται από τον ίδιο, θα κάνει ένα βήμα πίσω προς τις επάλξεις του πύργου· μέχρι που έφτασε σε σημείο να χρειάζεται κυριολεκτικά ένα βήμα για να πέσει από τον πύργο! Σε αυτό το σημείο ο Yugi ήρθε σε μια εσωτερική διαμάχη με το άλλο μισό της ψυχής του, τον Yami Yugi, του οποίου η υπερηφάνεια δεν του επέτρεπε να χάσει τη μονομαχία και προχώρησε προς την τελική επίθεση. Ο Yugi, τρομαγμένος από αυτό που επρόκειτο να συμβεί, κατάφερε να ανακαλέσει την επίθεση, δίνοντας στον επόμενο γύρο τη νίκη στον Kaiba. Ήταν η στιγμή που κατάλαβε ότι υπήρχε μέσα του μια πολύ σκοτεινή εκδοχή του εαυτού του. Αισθάνθηκε αδύναμος να ελέγξει αυτή τη σκοτεινή περσόνα. Ο μικρός Yugi όμως κατάφερε με τη βοήθεια των φίλων του να ξεπεράσει εκείνη τη δύσκολη στιγμή.
Η δοκιμασία του παρόλα αυτά συνεχίστηκε κατά τη διάρκεια της μονομαχίας του με τον Pegasus

όπου έπρεπε να συνεργαστεί με το σκοτεινό του αντίγραφο προκειμένου να κερδίσουν τη μονομαχία. Δείχνοντας εμπιστοσύνη ο ένας στον άλλο και εναλλάσσοντας μυαλά, κατάφεραν να ''αχρηστεύσουν'' το
Μάτι της Χιλιετίας. Στο παιχνίδι σκιών του Pegasus, το μεγαλύτερο βάρος έπεσε στον μικρό Yugi, ο οποίος δεν μπόρεσε να αντέξει την πίεση και κατέρρευσε ψυχικά. Ο Yami σε εκείνη τη μονομαχία φάνηκε να αρχίσει να αλλάζει, καθώς δεν μονομαχούσε μόνο για τη νίκη. Μονομαχούσε για τον Yugi (τον οποίο ξεκίνησε να βλέπει σαν πολύτιμο παρτενέρ) και τον παππού του Yugi (τον οποίο θεωρούσε και δικό του παππού). Στο τέλος, η αποφασιστικότητά του σε συνδυασμό με τη βοήθεια των φίλων του Yugi, φάνηκαν κομβικά στο να καταφέρει να κερδίσει τον ίδιο το δημιουργό του παιχνιδιού! Εκείνη τη στιγμή, τα πεπρωμένα του Yugi και του Yami ενώθηκαν με αλυσίδες πολύ πιο ισχυρές από αυτές του Πάζλ της Χιλιετίας!
Η πρώτη μεγάλη ''εσωτερική'' μάχη του Yugi (η οποία διήρκεσε γενικά σε όλο το Duelist Kingdom) ήταν δύσκολη, αλλά έφτασε στο τέλος της με την νίκη κατά του Pegasus, με αποτέλεσμα το φως να ξεκινήσει να μαθαίνει από το σκοτάδι και το σκοτάδι να ξεκινήσει να μαθαίνει από το φως.